Starfsemi Seltjarnarnesbæjar er skipt niður á fjögur svið, fjármálasvið, fjölskyldusvið, skipulags- og umhverfissvið og þjónustu- og samskiptasvið. Á hverju sviði er einn sviðsstjóri sem ber ábyrgð gagnvart bæjarstjóra á öllum þeim málaflokkum sem undir sviðið heyra.
Skipurit Seltjarnarnesbæjar var samþykkt í bæjarstjórn 20. febrúar 2020 og tók gildi 1. mars 2020.
Bæjarstjórn fer með stjórn Seltjarnarneskaupstaðar samkvæmt ákvæðum sveitarstjórnarlaga og annarra laga. Jafnframt fer bæjarstjórinn með yfirstjórn stofnana og fyrirtækja á vegum bæjarfélagsins að svo miklu leyti sem bæjarstjórn hefur ekki falið öðrum slíka yfirstjórn.
Bæjarstjórn kýs fulltrúa í nefndir, ráð og stjórnir samkvæmt ákvæðum laga, reglugerða og samþykktar þessarar. Nefndir heyra undir bæjarstjórn og er kosið m.a. í eftirfarandi nefndir: Fjölskyldunefnd, Menningarnefnd, Skipulags- og umferðarnefnd, Skólanefnd, Íþrótta- og tómstundanefnd og Umhverfisnefnd.
Undir bæjarstjórn heyrir einnig bæjarstjóri sem sér um daglega starfsemi bæjarins.
Í skipuritinu er stjórnsýslu og rekstri skipt upp í fjögur svið; Fjármálasvið, Fölskyldusvið, Skipulags- og umhverfissvið og Þjónustu- og samskiptasvið. Á hverju sviði er einn sviðsstjóri sem ber ábyrgð gagnvart bæjarstjóra á öllum málaflokkum sem undir sviðið heyra.