Samstarf er á milli Seltjarnarnesbæjar, námsbrautar í fornleifafræði við Háskóla Íslands og Þjóðminjasafns Íslands. Nemendur hafa nýtt sér svæði á Seltjarnarnesi sem kennsluvettvang fyrir fornleifafræði rannsóknir og unnið að því að byggja upp sameiginlegan kortagrunn yfir fornleifar svæðisins.
Valhúsahæð
Valhúsahæð hefur verið á náttúruminjaskrá frá 1981 og vesturhluti hæðarinnar var friðlýstur sem náttúruvætti árið 1997. Þvergarður (Valhúsagarður) er forn landamerkjagarður sem náði áður þvert yfir nesið og lá þvert yfir hæðina frá norðri til suðurs .Á Valhúsahæð sést enn í garðinn á allt að 300 m löngum kafla, en það sem eftir er af honum er nokkuð sokkið í jörðu. Garðurinn er mikið hruninn. Víðast er hann um 0,5 m á hæð og 1 m á breidd.
Skörð eru í garðinn á nokkrum stöðum. Þegar grafið var fyrir húsgrunni við Valhúsabraut 18 árið 1992 var rofið skarð ígarðinn. Garðurinn sást þá allvel í sniði og gafst tækifæri fyrir fornleifafræðinga til að kanna hann. Afstaða öskulaga gaf ekki ótvíræða um aldur garðsins en hann mun hafa verið hlaðinn einhvern tíma á bilinu frá 11. öld til miðrar 13. aldar.
Á hæðinni stóðu einnig á öldum áður hús sem geymdu fálka konungs og þar var reist ljósker árið 1883 til leiðbeiningar sjófarendum og þar var einnig fyrsta hringsjá Ferðafélags Íslands reist árið 1938.
Á hernámsárunum reistu Bretar Camp Grotta á Valhúsahæð sem samanstóð af þyrpingu bragga og skotvarnabyrgi. Einnig voru settar upp miklar loftvarnabyssur og fallbyssur til að verja innsiglinguna til Reykjavíkur og Hvalfjarðar. Árið 1980 voru skráðar 14 rústir hernaðarmannvirkja á sérstök númer, auk þess sem 15 - 20 rústir á austan og norðaustanverðri hæðinni voru skráðar saman á eitt númer. Margar þessara rústa eru nú horfnar, enda hefur talsvert rask verið á hæðinnisíðan þær voru skráðar. Einu ummerkin um þetta eru nú steyptar grunnplötur og stakar rústir skotvarnabyrgja.
Grótta
Siglingamerki var reist í Gróttu árið 1897.
Nes við Seltjörn
Landslæknisembætti Íslands var stofnað með konunglegri tilskipan árið 1760. Í framhaldi af því var Nesstofa, meðal elstu steinhúsa landsins, byggð sem læknissetur, lyfjaverslun og vísir að fyrsta læknaskóla landsins.
Landlæknar og lyfsalar sátu um lengri tíma í Nesi. Þar bjó m.a. Björn Jónsson, fyrsti lyfsalinn á Íslandi sem var skipaður í embætti árið 1772, han kom sér upp garði við húsið þar sem hann gerði ræktunartilraunir og ræktaði lækningaplöntur. Björn var meðal frumkvöðla í ræktun hérlendis en í skýrslu sem Skúli Magnússon landfógeti tók saman yfir kál- og kartöflugarða í Gullbringusýslu í lok árs 1777 eru taldar upp 20 tegundir grænmetis sem Björn var með í ræktum m.a. spínat, piparrót, laukar og grænkál auk ýmissa lækingajurta.
Urtagarður í Nesi var opnaður árið 2010 í minningu Björns, Bjarna Pálssonar fyrrum andlæknis og Hans Georgs Schierbeck stofnanda Garðyrkjufélags Íslands árið 1885. Garðurinn er staðsettur á safnasvæði Seltirninga við Nesstofu vestast á Seltjarnarnesi. Urtagarður er samvinnuverkefni Seltjarnarnesbæjar, Garðyrkjufélags Íslands, Landlæknisembættisins, Læknafélags Íslands, Lyfjafræðingafélags Íslands, Lyfjafræðisafns og Lækningaminjasafns Íslands og er hannaður af Ragnhildi Skarphéðinsdóttur landslagsarkitekt hjá Hornsteinum.
Stríðsminjar
Um 200 - 220 m norðan við golfskálann á Suðurnesi eru tvær steinsteyptar plötur, um 1,5 x 1,5 m, og steinsteypt veggjarbrot, um 3 m á lengd og 70 cm á hæð. Við nyrðri plötuna mótar óljóst fyrir undirstöðu veggjar.